Автор Arch Enemy задал вопрос в разделе Домашние задания
Что такое логическая и физическая структуры? и получил лучший ответ
Ответ от Мамед Сиидов[активный]
1) Логическая структура сайта -Подобный набор тематических рубрик с распределенными по соответствующим разделам документами и заранее спроектированными гипер связями между всеми страницами ресурса.
2) Физическая структура, напротив, подразумевает алгоритм размещения физических файлов по поддиректориям папки, в которой опубликован ваш сайт. 
Ответ от 22 ответа[гуру]
Привет! Вот подборка тем с похожими вопросами и ответами на Ваш вопрос: Что такое логическая и физическая структуры?